从目前来看，6S管理模式在推广应用的初期主要存在着以下3各方面的问题：一是考核细则没有统一模式，如何细化，细化到什么程度，在方法上没有明确界定，在不同单位，同一工种的考评准则有的定的过细，既不便执行，也不便考评；有的定的较为简单，按照它考评，很难区分员工之间的差别，于是就出现了考评分值同或满分过多的现象，难以反映员工的真实绩效。而是对额外工作缺少较为科学的量化考评，在实际工作中，各单位存在着一岗多能、一兼多职等现象，对这些人的考评应该包括本职工作和额外工作，即主岗与副岗两方面内容。现在基本上是只对员工主岗工作进行考评，对辅岗工作考评人为因素较多，缺少较为科学的考评，反映在工作中就出现了多劳者得分较少，少劳者或工作内容简单者，得分相对较多的不合理现象。三是考评细则单一，几个层次考评标准含混与一个考评细则之中，在考评或员工执行过程中，在考评或员工执行过程中，好于差很难区分，难以体现出员工的价值，也难以充分调动员工的积极性和潜能的发挥。企业大都是由计划经济向市场经济过渡的企业，基层员工的素质参差不齐，在考核过程中，如果是低层次的标准，将出现员工容易做到，如果是较高层次的标准，对于新进入企业和能力较差的员工，又难以达到，使考评处于“两难”境地。这样，就难以通过考评反映两类员工的实际水平。

可以说，存在这些问题的主要原因是虽然注重了在横向上对考评项目的增加，但忽视了考评项目在考评中的作用，没有根据考评准则的难易程度进行纵向上的等级划分，忽视了对人的差异性的关注，对不同层次员工的不同需要，不同能力考虑得较少。解决这些问题，就要求管理者要深刻认识6S管理的现实针对性，真正把6S管理当成企业管理的主导形式。