(一)健全医疗使用制度
健全感染监控领导小组，明确各岗位责任和职能，根据医院的实际情况和需要，细化落实到人，严格人流、物流界限和管理时段，从细节和微观入手，强化内部卫生，严格遵守和执行净化程序。
定期进行细菌检测和记录，明确各项指标的最值和预警标准值，对异常情况会判断，及时处理和落实交接班制度、人员培训制度，爱护建筑饰面和配置设备并规范使用，避免野蛮的非正常操作。同时，要规范物品摆放，做到整洁规范。
(二)健全设备管理制度
对于动态运转设备，如电动机、水泵、送(排)风机等，参考机械设备运行管理制度，完善设备巡检制度，交接班制度等规章制度，做到记录数据真实、准确，内容详实。
对于洁净室的维保，需严格执行《手术部医院感染预防与控制技术规范》的要求，定期检测洁净室的风速、压差、风量以及湿度等指标，做好记录和数据归档，保留第一手资料。视情况，一定周期(建议每半年)应委托有检测资质的单位或部门，对洁净室的洁净度、噪声、照度、压差、风速或换气次数做检测，根据检验数据和结果，确定是否更换过滤器或更换过滤器的种类和数量，并做好更换标识和更换时间记录并定期归档。
(三)健全管理和操作人员培训制度
随着医院洁净室的出现和增加，要求配套相应素质的管理和操作人员。现阶段，医院建设大多注重临床人才的培养，而忽视了后勤保障人员的知识更新和继续教育，加之现有操作人员大多是原来的空调管理人员和电工组成，不具备对洁净设备丰富的管理运行经验和对突发事件作出科学有效判断的能力，在一定程度上存在院内交叉感染的机率和安全隐患。基于这种情况，医院应该且有必要对相关人员定期培训，并使之专业配套，持证上岗。具体方法是，除每年参加继续教育培训外，还要不定期参加行业交流活动，以便随时掌握行业动态，随时更新专业知识，同时提高他们处理突发问题的能力。
二、选择专业维保公司
日常维保的质量，直接影响洁净室的使用效果和使用寿命，对医疗工作的正常、有序的开展至关重要;现阶段，靠医院内部人员管理，在专业技能和人员配备上，很难满足使用要求。因此，选择专业的维护保养公司，势在必行。由于洁净室的维保，涉及专业广、技术含量高、无固定取费标准等问题，目前仍处于摸索阶段，没有固定参考模式。目前采用较多的就是通过招标产生全保或半保的维保公司，对设备进行维护。但维保公司人员不稳定，素质良莠不齐的问题在短时间内难以解决，值得各医院注意。
建议通过对维保公司维保资质的要求，人员组成的要求，人员实际到位情况的要求来保证维保质量，但这是一种粗浅的管理方式。医院或管理使用部门还应配备一定数量和能力的专业人员进行检查或督促，才能达到较理想的维保效果。在实际操作过程中，还要避免两个极端的现象发生，即医院管理人员管得过死，不遵循实际情况和客观规律，凭想象做决定;或者完全交给维保公司，不闻不问，放任自流。
三、确保设备正常运转，降低设备运行成本
(一)确保设备正常运转
洁净室空调不能等同于一般中央空调，需要有专人负责。每天不固定时间巡检，定期分析所记录的数据。尤其对空气处理机组的进出口风量、压差、洁净室的温度、湿度等主要指标和影响该指标的因素，要掌握规律后加以监控，做到未雨绸缪，不打无准备之仗。
对洁净室的回风过滤器，新风的初效过滤器，机组内的中效和中高效或亚高效过滤器，洁净室送风高效过滤器要定期更换、清洁、消毒。由于我国沿海地区空气质量优良，一般初、中效过滤器每月检查清洗，检查有无泄漏或堵塞，发现后要及时更换，高效过滤器每半年配合检测确定更换与否：对于高效过滤器参考指标，除室内洁净度要求外，还应参考高效过滤器终阻力值。目前国内高效过滤器初阻力一般约120Pa ，终阻力约350-400 Pa。空调箱建议定期熏蒸，效果更明显。
(二)降低设备运行成本
降低设备运行成本主要体现在电能的消耗、辅材的更换和设备维修费用上，合理维护保养设备，不但可以降低上述费用，更能延长机组寿命，保障使用效果。我国南方地区空气湿度大，本身新风中湿度超标，直接造成空气处理机组中湿度经常超过80%，(梅雨季节尤为突出)而过高的湿度，容易产生细菌的滋生和繁殖，不利于保证净化效果。同时，一般设计工况都参考国标规定：洁净室内湿度控制在40%-60%，所以，经常要靠降低洁净室温度来保证环境湿度，导致电能消耗严重，少则十几千瓦，多则几十千瓦，效果还不是很理想。
另外，必须注意的是，所有洁净系统在运行一段时间后，随着初、中、高效过滤器上的风阻增加，都会降低过滤器效率，为了维持运行工况，会造成电能的浪费和损耗，从而增加设备运行成本。
我国很多医院对设备管理相差甚远，所以要做好医院的设备管理任重而道远。
