1.手工记录的方式，可能由于人员的疏忽，使产品在生产过程中出现质量的不可控性。
2.对关键性的生产工艺、环境情况及物料（纯化水、蒸馏水等其它辅料）的信息不能实时、在线、完整的检测，导致出现问题后，无法对产品生产过程信息进行追溯。
3.针对生物工程、针剂、大输液等高风险，高价值，并对生产环境要求更加严格的产品生产过程，需要有系统对其生产过程实时监控，当发生问题（如高效过滤器泄露等突发情况）时能够及时报警处理。
4.一些企业已经进行了初步信息化改造和更新了自动化程度高的设备（如已配备自动发酵罐、灭菌柜、称重仪、粒子检测仪等），但其系统都是独立运行，没有形成统一的数据管理平台，数据需要人工的记录和传递，资源的利用率和工作效率很低。
生产制造执行系统（MES）是面向生产管理技术与实时信息系统的新理念，近年来在国际上迅速发展，它体现了既重视计划又重视执行的管理思想，既可向上传输现场信息又可向下承接管理信息，使整个信息系统集成为一个整体。
它主要负责生产管理、执行过程监管，实现生产过程的最优计划与调度、生产工艺优化、操作条件优化、突发事件处理等功能，使生产高效、协调、稳定运行，帮助企业实现提高产品质量，提升生产效率的目标。
为了规范和指导MES系统在企业的应用和发展，MESA(MES国际联合会)在ISA-95标准中给出了MES的11项功能模块的定义（实际的产品可能包含其中一项或多项功能），主要的功能模块如上面图2所示。同时，MES系统和SCM、ERP、PLC、PLM等系统有良好的集成性。
针对医药行业特点，MES的典型功能，主要体现在以下几个方面：
生产资源的调配和管理
提供详尽的资源使用记录，可供使用的资源实时状态信息，保证资源处在最佳状态。这些资源包括设备、工具、人员(要求具备特殊技能的人员)、原材料和生产产品信息文档。信息必须具备可维护性和可利用性，必须具备真实有效性。
生产计划安排
根据优先级、特性、资源限制和流程间的相互依赖关系安排生产，优化生产流程并最大限度地减少重复劳动。按照操作的可替代性、并行性和重叠性，计算出详细精确的时间表、设备利用表。MES层通过对生产设备和人力资源等生产要素的分配来控制生产流程。包括批量控制系统的启动、生产顺序的调配，以及生产运行启动指令。
生产过程管理
监督生产过程，自动纠正或改进生产过程，提供信息反馈给操作员。具有报警管理机制，以确保生产人员了解生产过程中出现的超出偏差允许范围的情况。
配方管理
生产配方编辑、验证、发布与管理。
生产文件归档控制
包括SOP、生产指令、配方、控制系统程序、工艺流程图表、批量生产记录、生产报警信息记录，以及除生产报表以外的一些其他生产文档资料。
劳动力管理
根据劳动技能、工作方式，安排各个批次生产中操作人员的使用。这些信息资料通常被保存在人力资源系统，但对于更加详细的数据信息资料通常都不会在人力资源系统中得到，在这种情况下，人力资源管理能够被充分考虑到并同时作为MES功能的一部分。
产品质量管理
产品质量的检验可以在线或者离线进行。在线实时采集产品质量信息，可以保证产品质量的同时也能及时发现所存在的质量问题，并提供相应的解决方案；同时也支持产品质量的离线分析，最典型的是在实验室完成产品质量的分析。
设备维护管理
维持企业生产过程中的生产设备、工具和仪器仪表的正常运行，保证工厂的设备处在良好的状态。
批数据采集
生产数据信息采集功能关心的是历史数据、事件数据、操作员的输入数据信息、操作员的操作记录信息，以及在产品生产过程中所产生的任何资料信息。并包括相关流程、原材料和人员、设备以及产品质量信息。
产品批数据追踪
MES层不但关心生产计划编制，而且还跟踪实际生产和计划的执行情况，主要包括监控生产设备、原材料和人员在生产中的使用，用以建立相关产品的历史信息。
可提供的状态信息包括该产品生产人、原料及供货商、批号、序列号、当前产品状况、以及历史报警、返工、其它非正常生产信息和相应采取的改进措施。这个在线追踪功能产生的历史记录，用以追踪相关半成品和最终产品的相关信息。
产品批数据分析
产品分析包括批生产数据信息分析、人力资源与生产设备的利用、生产操作流程和产品质量及成本的分析。这些生产数据信息通常应用于优化生产流程和资源配置。某些数据信息能够作为调整生产与调度的依据。
批数据分析还应包括对多批产品数据的批间差异分析。包括劣质批量生产或者不符合生产工艺的生产运行的数据信息分析，以便分析和测定不符合生产工艺的生产运行所存在的根本原因；对异常批量生产质量或者高质量生产运行的数据信息分析，以便分析和测定优化生产运行的条件。
MES立足于整个企业的生产活动，因此是各种不同类型系统的连接点，可以把其他系统和实际的制造状态和生产能力连接起来。ERP需要从MES获取“实际数据”，例如：成本、周期时间、质量信息、设备情况、产量、库存和其它产品数据。控制系统则从MES获取配方和工作指令。MES也从这些系统中获取信息来保证其信息在整个工厂中被有效的运用。MES依照ERP的计划来制定生产量。来自于控制系统的数据可帮助MES动态地分析实际的性能和操作环境。
MES和其他系统有重叠的管理领域，但不同的系统有不同的侧重点，这些重叠之处正是便于不同系统进行集成。MES主要致力于整个企业的生产，并具有极强的优化生产过程的功能。MES功能可被从工厂管理人员、质量管理人员、维护人员、文档及调度管理人员、操作员和技术员等企业各类工作人员直接使用。
MES的任务就是预测、指导、管理企业各种生产活动，并记录其结果，它可从整个企业的角度来看待生产、原料、人力资源、机器和设备的运用情况；整个生产情况，包括实际发生的情况和理论上应该发生的情况都记录在MES中。
据此，MES可指导、监测企业整体的效率，它可采集性能数据来改善企业整体或个别操作流程，同时可在计划中体现集团企业对成本、原料和操作的预期；它以整体和局部的观念来看整个企业的生产活动，不仅能看到正在发生的事情，还可看到为了达到生产目的所应该发生的事情，当前没有任何其它系统具有此项功能或者提供类似的服务。
相比旧版GMP，新版GMP特点主要在于以下几点：
1、吸收国际先进经验。
2、重点细化软件要求，加强了药品生产质量管理体系建设，大幅提高对企业质量管理软件方面的要求。
3、全面强化从业人员的素质要求。
4、细化文件管理规定；随着计算机化系统的广泛使用，新版GMP增加了电子记录管理的内容。
5、进一步完善药品安全保障措施。
6、引入或明确了一些概念，比如：质量授权人、质量风险管理、变更管理、偏差管理、纠正和预防措施、超标结果调查等。（中国制药网）
